Wilholmi Raamatukogu on oma olemuselt humanitaarraamatukogu. Kogu raamatukogu on jaotatud esmalt kaheks suureks üksuseks: arhiivkogu, milles säilitatakse artefakte kuni aastani 1960 ja üldkogu, raamatud alates 1960. aastast. Vastavate tähistustega fondides kogutakse vanu trükiseid (WAB), dokumente (WAR), väiketrükiseid (WAG), perioodikat (WPA), graafikat (GHB1), maakaarte (GHB2), fotosid (FTB) ja noote (NTB). Üldkogus on vaid uuemad raamatud ja uusim perioodika (WBB). Hetkel on vanim raamat 1524. aastast. Vanim artefakt on praegu 14. sajandist pärgamentkäsikirja fragmentaarium.